С верой, надеждой, любовью — 2

[MapaT]

smilla,

При диагностике исходят из того, что накопление продуктов ПЦР (ампликонов) пропорционально содержанию копий искомого гена в исследуемой пробе.

Это из краткого описания метода:

rol-i-mesto-dnk-diagnostiki-v-infektsionnoy-klinike.pdf

Роль и место ДНК-диагностики
в инфекционной клинике

(586.31 КБ) 182 скачивания

[Master Shifu]

ВАУ!!!
Довольно познавательное чтиво, одобрям...

[smilla]

smilla,
При диагностике исходят из того, что накопление продуктов ПЦР (ампликонов) пропорционально содержанию копий искомого гена в исследуемой пробе.

Марат, ты меня завёл
Ты все пишешь правильно. Однако, в пробе, грубо говоря, плавают целые вирионы, реакция проводится с кусочком РНК, этот кусочек извлекается предварительно из вириона. Вирус гепатита С относится к РНК-содержащим. Поэтому при проведении ПЦР в режиме "реального времени" необходима предварительная реакция обратной транскрипции.
ПЦР-исследование состоит из следующих этапов:
- Экстракция РНК из исследуемых образцов.
- Проведение реакции обратной транскрипции.
- Проведение амплификации с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени».
- Анализ и интерпретация результатов
Это на обывательском уровне. Могу тебе дать ссылки, где это всё расписано на профессиональном уровне.
У меня такое впечатление, что мы недопонимаем друг друга Но это не страшно

[MapaT]

Реакция обратной транскрипции включает в себя процесс превращения молекулы РНК в комплементарную ей ДНК и далее амплифицируют уже одноцепочечную молекулу ДНК,используя традиционный метод ПЦР, это мне понятно.

Однако, в пробе, грубо говоря, плавают целые вирионы, реакция проводится с кусочком РНК, этот кусочек извлекается предварительно из вириона.
<..>
Экстракция РНК из исследуемых образцов.

ВООТ, именно этот момент я пытаюсь понять и не сколько в контексте вируса гепатита С, а вообще. Каким образом происходит это самое извлечение из оболочки и капсида ?

Я себе плохо это представляю. И точно так же плохо себе представляю, как соотнести наличие относительно высокой вирусной нагрузки, например ДНК HBV 10^5 МЕ/мл и HBsAg в количестве, скажем 1000 МЕ/мл ?) Если все что находится в крови - это вирионы (условно). ))


Не пойми меня неправильно, я всего-лишь хочу понять, а не спорить или что-то в этом роде ))

Могу тебе дать ссылки, где это всё расписано на профессиональном уровне.

Был бы признателен

У меня такое впечатление, что мы недопонимаем друг друга

Вполне возможно Ты уж извиняй, извилины уже не те, на Альгероне

[Garry1406]

Бог ты мой, какие дискуссии. Я уже скучаю по котикам и лютикам.

[smilla]

как соотнести наличие относительно высокой вирусной нагрузки ДНК HBV 10^5 МЕ/мл и HBsAg в количестве, скажем 1000 МЕ/мл ?) Если все что находится в крови - это вирионы ))

Марат, по гепатиту В и его вирусу, вириону я пас...

ВООТ, именно этот момент я пытаюсь понять и не сколько в контексте вируса гепатита С, а вообще. Каким образом происходит это самое извлечение из оболочки и капсида ?

С помощью реагентов. Вот как пошагово это делается в лаборатории (смотри приложения 1 и 2). Не знаю, поможет ли это понять химию процесса http://www.interlabservice.ru/catalog/reagents/files/obsh/HCV-genotip-FL.MANUAL.040912.pdf
Там инструкция для определения генотипов, но это не принципиально для экстракции

[smilla]

Я уже скучаю по котикам и лютикам.

Так за чем дело встало? давай сюда и котиков, и лютиков

[Костян40]

Пост изменён ТС

[MapaT]

С помощью реагентов. Вот как пошагово это делается в лаборатории (смотри приложения 1 и 2). Не знаю, поможет ли это понять химию процесса
Марат, по гепатиту В и его вирусу, вириону я пас...

В случае с гепатитом В - все тоже самое, если прочитать инструкцию. ДНК выделяют из крови, перед тем как амплифицировать и анализировать (как грится - мухи отдельно, котлеты отдельно). ДНК и HBsAg не соотносятся количественно, разные величины, видимо, как я и думал. Хотя и единицы измерения те же. Корреляции весьма условные, если так можно выразиться.

Не без твоей помощи, я кажется начал понимать

[smilla]

Марат, я очень рада, что смогла тебе помочь

[MadaM]

smilla и MapaT,
Можно я вмешаюсь в вашу интересную дискуссию.
Неоднократно в дневниках встречала указывают данные HBsAg и HBsAg количественно.
Получается, я сдавая #87 в инвитро, узнаю количество в крови.
А что надо сдать, чтобы видеть в организме?
И обязательно ли сдавать это, если в крови небольшая нагрузка и не на терапии.
Я понимаю, что вы о глобальном, но помогите разобраться

[rootzomby]

- Экстракция РНК из исследуемых образцов.
- Проведение реакции обратной транскрипции.

Может я чего недопонимаю,но вроде обратной транскрипцией обладает вирус вич, он строит с рнк днк,геп В с днк рнк,а гепсу днк вообще не нужно.

[MapaT]

Может я чего недопонимаю,но вроде обратной транскрипцией обладает вирус вич, он строит с рнк днк,геп В с днк рнк,а гепсу днк вообще не нужно.

ДНК из РНК строят искусственно, что бы ее можно было амплифицировать (размножить) используя метод ПЦР, он с РНК не работает. Грубо: одно производится в искусственных условиях, другое - в условиях клетки, когда вирусная полимераза участвует в этих процессах (как в случае с HBV и ВИЧ).

HBV первоначально попадает в клетку в виде двухцепочечной ДНК, конвертируется до ccc-ДНК в ядре, а затем производит комплементарную РНК, которая затем превращается снова в ДНК при помощи полимеразы (читай обратная транскрипция)

Неоднократно в дневниках встречала указывают данные HBsAg и HBsAg количественно.
Получается, я сдавая #87 в инвитро, узнаю количество в крови.
А что надо сдать, чтобы видеть в организме?
И обязательно ли сдавать это, если в крови небольшая нагрузка и не на терапии.

Нет, не обязательно сдавать HBsAg, основное - HBV ДНК. HBsAg количественный - как вспомогательный маркер, используется для контроля эффективности терапии интерфероном (преимущественно).

По его уровню можно прогнозировать вероятность реактивации HBV инфекции с определенной специфичностью и точностью. Так например, уровни <1000 ассоциированы с низкой вероятностью реактивации (читай - неактивное носительство).

[rootzomby]

MapaT, Спасибо тебе я ранее ознакомился с репликацией гепВ и там есть обратная транскрипция,вот почему нуки используют при лечении Б,хоть они предназначены для вич.А вот гепатиС реплицируется без днк.Из рнк в рнк,так что метод пцр с днк мне непонятен.Как я читал берут фрагмент рнк и его ампфлицируют в геометрической прогрессии,а потом по времени высчитывают количество.А про вири с обратной транскрипцией пишут почемуто что только вич обладает ей???

[MapaT]

Как я читал берут фрагмент рнк и его ампфлицируют в геометрической прогрессии,а потом по времени высчитывают количество

Еще раз, амплификация возможна только с ДНК, поэтому сначала нужно создать ее, используя РНК в качестве матрицы (реакция обратной транскрипции в искусственных условиях).